Trải qua các thời kỳ cách mạng, dưới sự lãnh đạo tuyệt đối, trực tiếp về mọi mặt của Đảng, sự thống nhất quản lý của Nhà nước, sự lãnh đạo toàn diện về mọi mặt của Quân ủy Trung ương, Đảng ủy Công an Trung ương, BĐBP và các lực lượng CAND luôn chung sức, đồng lòng, đoàn kết, hiệp đồng chặt chẽ, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Sự phối hợp đó trở thành truyền thống, kinh nghiệm quý báu và là một trong những yếu tố cơ bản góp phần quyết định thắng lợi nhiệm vụ chính trị trong sự phát triển và trưởng thành của mỗi lực lượng. Từ những năm đầu mới thành lập, với nhiệm vụ chủ yếu là trấn áp đối tượng phản cách mạng trong nước, phản cách mạng ngoài nước xâm nhập phá hoại nước ta và những phần tử phá hoại khác, CAND vũ trang, nay là BĐBP luôn kề vai sát cánh cùng các lực lượng CAND, dân quân du kích và nhân dân chiến đấu để bảo vệ an ninh nội địa, biên giới, giới tuyến, bờ biển; bảo vệ an ninh các thành phố, thị xã, các cơ quan, cơ sở kinh tế và văn hóa quan trọng; bảo vệ an ninh chính trị (ANCT), trật tự an toàn xã hội (TTATXH); bảo vệ các mục tiêu chính trị, kinh tế và quốc phòng trọng yếu; chống địch đột nhập, phong tỏa và bạo loạn, nhất là ở các địa bàn trọng điểm. Các lực lượng luôn đồng cam cộng khổ bám đất, bám dân, cùng nhau xây dựng cơ sở cách mạng, phát triển chiến tranh nhân dân rộng khắp, góp phần quan trọng vào những chiến thắng vang dội của các chiến dịch lịch sử và Đại thắng mùa Xuân năm 1975, giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước.
Bước vào thời kỳ xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa, nhất là trong hơn 30 năm đổi mới vừa qua, quan hệ phối hợp giữa BĐBP với các lực lượng CAND được nâng lên tầm cao mới, đặc biệt sau khi Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 107/2003/QĐ-TTg, ngày 2-6-2003 về “Quy chế phối hợp giữa Bộ Công an và Bộ Quốc phòng trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội trong tình hình mới”; Chính phủ ban hành Nghị định số 06/2007/NĐ-CP, ngày 12-1-2007 về “Phối hợp giữa Bộ Quốc phòng và Bộ Công an trong hướng dẫn, chỉ đạo BĐBP và lực lượng công an thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh, trật tự, an toàn xã hội ở khu vực biên giới”; Nghị định số 77/2010/NĐ-CP, ngày 12-7-2010 của Chính phủ về “Phối hợp giữa Bộ Công an và Bộ Quốc phòng trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh quốc gia, giữ gìn trật tự, an toàn xã hội và nhiệm vụ quốc phòng” và Nghị định số 03/2019/NĐ-CP, ngày 5-9-2019 của Chính phủ về “Phối hợp giữa Bộ Công an và Bộ Quốc phòng trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh quốc gia, bảo đảm trật tự, an toàn xã hội, đấu tranh phòng, chống tội phạm và nhiệm vụ quốc phòng”. Căn cứ chức năng, nhiệm vụ, Bộ tư lệnh BĐBP đã phối hợp ký kết nhiều quy chế, kế hoạch với các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an trong công tác đấu tranh, phòng, chống tội phạm, bảo đảm an ninh, trật tự địa bàn khu vực biên giới, vùng biển.
Các cơ quan chức năng thuộc Bộ tư lệnh BĐBP phối hợp với các cục nghiệp vụ của Bộ Công an tham mưu, lãnh đạo hai lực lượng trong trao đổi các thông tin phản ánh tình hình thế giới, khu vực và các nước, đặc biệt là các nước lớn có liên quan, tác động đến an ninh quốc gia Việt Nam. Các đơn vị hai bên thường xuyên duy trì thực hiện nền nếp công tác gặp gỡ, trao đổi thông tin định kỳ, đột xuất về tình hình hoạt động của các lực lượng trên Biển Đông và trên biên giới; hoạt động xuất nhập cảnh trái phép; tình hình hoạt động của tội phạm, nhất là tội phạm về ma túy, buôn lậu, mua bán người, vận chuyển trái phép vũ khí, vật liệu nổ... Bộ tư lệnh BĐBP và các cục nghiệp vụ của Bộ Công an đã phối hợp chỉ đạo, tổ chức kiểm tra xác minh các vụ việc có liên quan đến bảo đảm ANCT, TTATXH ở khu vực biên giới. Cơ quan chức năng hai bộ áp dụng biện pháp trinh sát kỹ thuật để giám sát, theo dõi hoạt động của các loại đối tượng trong đấu tranh chuyên án, vụ án về ma túy, buôn lậu, buôn bán người; hoạt động của bọn phản động lợi dụng các vấn đề dân tộc, tôn giáo, lôi kéo, kích động tụ tập đông người gây rối. Từ năm 2015 đến nay, các đơn vị đã phối hợp thực hiện hàng nghìn yêu cầu giám sát, khai thác, xử lý bản tin nghi vấn có liên quan đến hoạt động phạm tội, xâm phạm an ninh quốc gia. Hai bên đã cung cấp cho nhau hàng chục nghìn dữ liệu về đối tượng chưa cho nhập cảnh, chưa được xuất cảnh, cần chú ý khi nhập cảnh; phối hợp phát hiện hàng trăm đối tượng quản lý nghiệp vụ và hàng chục đối tượng bị truy nã. Ngoài ra, các cục nghiệp vụ của Bộ Công an đã tổ chức các lớp tập huấn về chuyên môn nghiệp vụ, về công tác trinh sát kỹ thuật, hướng dẫn khai thác và sửa chữa phương tiện kỹ thuật cho lực lượng trinh sát BĐBP. Các đơn vị BĐBP và công an các tỉnh, thành phố chủ động phối hợp, triển khai thực hiện có hiệu quả các kế hoạch bảo đảm an ninh trật tự, chủ động phòng, chống hoạt động của địch; đấu tranh phòng, chống tội phạm ma túy, buôn lậu, mua bán người, vận chuyển trái phép vũ khí, vật liệu nổ tại khu vực biên giới.
Thời gian tới, tình hình chính trị, kinh tế thế giới và khu vực tiếp tục diễn biến phức tạp. Trên các hướng, địa bàn trọng điểm, các thế lực thù địch, phản động trong và ngoài nước triệt để lợi dụng những vấn đề nhạy cảm về dân tộc, tôn giáo, chủ quyền lãnh thổ, dân chủ, nhân quyền để kích động, lôi kéo quần chúng nhân dân và tiến hành các hoạt động chống phá gây mất ổn định ANCT, TTATXH. Trước tình hình đó, đòi hỏi lực lượng công an và quân đội nói chung, lực lượng công an và BĐBP nói riêng phải luôn đoàn kết, gắn bó chặt chẽ, phối hợp đấu tranh, ngăn chặn, làm thất bại mọi âm mưu, hoạt động chống phá của các thế lực thù địch, phản động, bảo vệ Đảng, bảo vệ Nhà nước và chế độ, bảo vệ nhân dân, giữ vững ANCT, TTATXH và chủ quyền, lãnh thổ của Tổ quốc. Hai lực lượng cần tăng cường phối hợp trong thực hiện các đề án, phương án, chuyên án và kế hoạch nghiệp vụ tại các hướng, địa bàn trọng điểm, xây dựng đề án bảo đảm an ninh, trật tự trong trường hợp xảy ra đột biến ở nước láng giềng đe dọa an ninh biên giới nước ta; phương án bảo đảm an ninh trật tự vùng giáo, khu công nghiệp, khu chế xuất có yếu tố người nước ngoài. Đặc biệt, các đơn vị nghiệp vụ thuộc Bộ tư lệnh BĐBP và Bộ Công an cần phối hợp chặt chẽ trong công tác bảo vệ an ninh mạng, an ninh thông tin, truyền thông; tập trung đấu tranh vô hiệu hóa âm mưu “phi chính trị hóa”, chia rẽ các LLVT; đẩy mạnh phòng ngừa, đấu tranh ngăn chặn âm mưu, hoạt động thâm nhập nội bộ, cài cắm nội gián của các cơ quan đặc biệt nước ngoài, nhất là trên các tuyến biên giới. Các đơn vị nghiệp vụ thuộc Bộ Công an và Bộ tư lệnh BĐBP chú trọng công tác hiệp đồng, phối hợp luyện tập, diễn tập xử lý các tình huống phòng, chống khủng bố, biểu tình, gây rối, bắt cóc con tin, phòng cháy, chữa cháy, tìm kiếm cứu nạn, phòng, chống dịch bệnh... Đồng thời, tăng cường phối hợp sơ, tổng kết, nhất là trong thực hiện các quy chế phối hợp. Hiện nay, nhiều quy chế phối hợp giữa BĐBP và các lực lượng CAND đã được ký kết và triển khai nhiều năm không còn phù hợp, do đó, cần phối hợp chặt chẽ để tổ chức tổng kết nghiêm túc. Qua đó, phát huy những kết quả đạt được, khắc phục những hạn chế, thiếu sót, bổ sung những nội dung, yêu cầu nhiệm vụ mới phù hợp với sự phát triển của mỗi lực lượng và yêu cầu đòi hỏi của thực tiễn.
Trung tướng, PGS, TS HOÀNG XUÂN CHIẾN, Ủy viên Trung ương Đảng, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng