Đối với hàng hóa nhập khẩu (NK) thuộc đối tượng phải thông báo Danh mục hàng hóa XNK miễn thuế (DMMT), việc kiểm tra, cấp, theo dõi và quản lý DMMT vẫn còn tồn tại một số vấn đề như: Thông tin về máy móc thiết bị trong DMMT không phù hợp với tên máy móc, thiết bị và thông số kỹ thuật; số lượng máy móc thiết bị cho phép NK miễn thuế chưa phù hợp với số lượng thiết bị có trong thuyết minh dự án; thời gian dự kiến NK hàng hóa miễn thuế không phù hợp với thời gian thực hiện dự án quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư; bản giải trình dự án chưa cung cấp đầy đủ thông tin để đối chiếu...

Đồng thời, các công tác kiểm tra và rà soát của cơ quan Hải quan cũng phát hiện một số trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế sau đó chủ dự án thay đổi mục đích sử dụng miễn thuế và chuyển tiêu thụ nội địa mà không thông báo với cơ quan Hải quan để thực hiện các nghĩa vụ về thuế.

Tính đến hiện tại, việc xác định chủ thể được đăng ký DMMT vẫn còn lúng túng do pháp luật về đầu tư không có khái niệm "chủ dự án," trong khi Giấy phép đầu tư/Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư chỉ có "Nhà đầu tư", "Tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư" như quy định tại điểm a khoản 2 Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Ngoài ra, Luật Thuế XK, thuế NK, Nghị định số 18/2021/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 134/2016/NĐ-CP và Quy trình miễn thuế đối với hàng hóa XNK chưa có quy định, hướng dẫn về xử lý thuế đối với trường hợp sáp nhập doanh nghiệp, dẫn đến khó khăn trong tổ chức thực hiện chính sách thuế.

Để bảo đảm việc tổ chức và thực hiện các chính sách miễn thuế đối với hàng hóa XNK đúng quy định của pháp luật, Tổng cục Hải quan đã yêu cầu các cục hải quan tỉnh, thành phố tiếp tục chỉ đạo kiểm tra, rà soát toàn bộ hồ sơ miễn thuế để lựa chọn kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo quy định. Đồng thời, triển khai thực hiện nghiêm ngặt quy định về điều kiện miễn thuế.

Các đơn vị cần căn cứ vào hồ sơ thông báo DMMT và quy định của pháp luật để xác định đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư, ưu đãi miễn thuế và phạm vi miễn thuế để áp dụng chính sách thuế đúng quy định, tránh vướng mắc trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan và kiểm tra sau khi hàng hóa đã thông quan. Đối chiếu hồ sơ thông báo DMMT, thực tế hoạt động của tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hóa để xem xét và xác định đối tượng đã thông báo DMMT đúng quy định.

Đối với các trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu NK hàng hóa cần cung cấp văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu và ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế NK. Trong trường hợp hợp đồng trúng thầu không quy định giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế NK, thì hợp đồng đó không đáp ứng quy định và sẽ không được miễn thuế.

Công chức Hải quan Hữu Nghị kiểm tra máy móc tạm nhập tái xuất.

Để bảo đảm việc quản lý thuế XNK đối với hàng hóa miễn thuế được thực hiện đúng quy định, các cơ quan hải quan tỉnh, thành phố cần tiến hành kiểm tra và rà soát hồ sơ thông báo DMMT, cũng như hồ sơ miễn thuế và hoạt động sản xuất, kinh doanh của tổ chức và cá nhân tại Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.

Trong quá trình kiểm tra, đối với các mặt hàng như linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng nhập khẩu, cần kiểm tra theo các tiêu chí nhất định. Đối với các mặt hàng có điều kiện miễn thuế là trong nước chưa sản xuất được phải đối chiếu với Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được và văn bản hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Trường hợp xác định hàng hóa trong nước đã sản xuất được thì không thuộc đối tượng được miễn thuế NK. Tuy nhiên, trường hợp cơ quan Hải quan chưa đủ cơ sở xác định hàng hóa thuộc đối tượng trong nước đã sản xuất được thì cơ quan Hải quan cho phép DN thông báo DMMT đối với hàng hóa này nhưng phải ghi chú tại “ô ghi chú” trên DMMT để cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục NK thực hiện kiểm tra; trường hợp đã tiếp nhận DMMT, DN làm thủ tục NK nhưng chưa đủ căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được (chưa có văn bản xác nhận của Bộ Kế hoạch và Đầu tư) thì cơ quan Hải quan áp dụng quy định tại khoản 2 Điều 8 Luật Thuế XK, thuế NK để thực hiện thu thuế.

Khi có văn bản xác nhận của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, cơ quan Hải quan hướng dẫn doanh nghiệp khai bổ sung hải quan (mã miễn thuế, số thứ tự dòng hàng trên DMMT, số DMMT) và điều chỉnh số lượng hàng hóa tương ứng đã sử dụng trên DMMT để xử lý miễn thuế. Trong trường hợp đã nộp thuế NK, cơ quan hải quan sẽ xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu các đơn vị kiểm tra, rà soát các DMMT từ 1-9-2016 đến nay. Đối với hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất, nếu đã NK miễn thuế theo DMMT, cần thu đủ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có). Trong trường hợp chưa NK hoặc còn hàng hóa trên DMMT, cần điều chỉnh số lượng dự kiến NK để đảm bảo lượng hàng hóa còn lại là 0.

Với các dự án ưu đãi đầu tư và trường hợp sáp nhập, tổ chức mới hình thành sau sáp nhập cần kế thừa ưu đãi đầu tư áp dụng cho dự án trước sáp nhập, với điều kiện là vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư. Hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tạo tài sản cố định của dự án sau sáp nhập sẽ tiếp tục được quản lý theo đối tượng miễn thuế nếu dự án vẫn đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư.

Các tổ chức mới hình thành cần sử dụng hàng hóa miễn thuế theo đúng mục đích và báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế trong năm tài chính cho cơ quan Hải quan theo quy định. Cơ quan Hải quan nơi tiếp nhận DMMT của dự án bị sáp nhập phải theo dõi, quản lý và kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế.

Các cục hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo kiểm tra và rà soát thông báo tình hình sử dụng hàng hóa NK miễn thuế hàng năm của chủ dự án, để bảo đảm việc xử lý kịp thời trường hợp doanh nghiệp tự thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa mà không được phát hiện kịp thời.

Bên cạnh đó, rà soát và thu thập thông tin về hoạt động của các dự án ưu đãi đầu tư để có biện pháp quản lý phù hợp. Trong trường hợp thay đổi chủ dự án hoặc mục đích sử dụng hàng hóa, chuyển tiêu thụ nội địa mà không thông báo với cơ quan Hải quan, cần áp dụng quy định của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP và Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC để xử lý.

Bài và ảnh: BÙI NỤ