Ngay đầu năm 1961, Bộ Chính trị ra chỉ thị chuyển cuộc đấu tranh của nhân dân miền Nam từ khởi nghĩa từng phần sang cuộc chiến tranh cách mạng. Bộ Tổng Tham mưu (BTTM) chính thức nhận nhiệm vụ giúp Quân ủy Trung ương (QUTƯ) đề xuất chủ trương, kế hoạch quân sự đối với cách mạng miền Nam và trực tiếp chỉ đạo, chỉ huy LLVT cách mạng miền Nam.
Thực hiện chỉ thị của Bộ Chính trị, kế hoạch quân sự 5 năm lần thứ hai (1961-1965) của QUTƯ được BTTM chủ trì soạn thảo, trong đó nhấn mạnh một số vấn đề quan trọng với cách mạng miền Nam. Trước hết là xây dựng LLVT tập trung đủ mạnh, bảo đảm tốt về trang bị kỹ thuật, cung cấp vật chất và chỉ đạo tác chiến. Do vậy, ngay từ năm đầu chuyển sang chiến tranh cách mạng, LLVT ở miền Nam đã trưởng thành vượt bậc. Cuối năm 1961, bộ đội chủ lực các quân khu đã lên tới 11 tiểu đoàn. Đến năm 1963, bộ đội tập trung tăng lên 70.000 người. Năm 1964, lực lượng tại chỗ của cách mạng miền Nam bao gồm lực lượng du kích và dân quân tự vệ tăng lên hơn 140.000 người.
Bên cạnh đó, BTTM đã cùng với các cơ quan chỉ đạo cách mạng miền Nam nghiên cứu cách đánh và kết hợp các hình thức đấu tranh ở miền Nam nhằm tạo nên sức mạnh tổng hợp. Đó là kết hợp khởi nghĩa vũ trang của quần chúng với chiến tranh cách mạng, giữ vững và đẩy mạnh đấu tranh chính trị, đồng thời phát triển đấu tranh vũ trang lên một bước mới, ngang tầm với đấu tranh chính trị; thực hiện kết hợp đấu tranh quân sự với đấu tranh chính trị; đẩy mạnh đánh địch bằng "3 mũi giáp công" (quân sự, chính trị, binh vận); vận dụng phương châm đấu tranh phù hợp với đặc điểm từng vùng chiến lược. Cùng với đó, BTTM lập đề án kế hoạch “Tổ chức và chuẩn bị lực lượng toàn diện cho chiến trường B” nhằm đẩy mạnh sự chi viện, giúp đỡ nhân lực, vật lực của miền Bắc đối với các chiến trường miền Nam. Chỉ riêng năm 1964 và đợt đầu năm 1965, miền Bắc đã đưa vào các chiến trường miền Nam hơn 23.800 cán bộ, chiến sĩ và nhân viên kỹ thuật, vượt xa kế hoạch ban đầu đề ra. Các trung đoàn chủ lực từ miền Bắc vào tập kết và đứng chân ở Tây Nguyên, Nam Trung Bộ đã tạo thành khối chủ lực mạnh ở những khu vực này từ mùa hè năm 1965. Ngoài ra, BTTM còn cử đoàn cán bộ tăng cường cho Ban Quân sự Miền và các quân khu ở miền Nam. Từ nắm bắt thực tế sát với chiến trường và dự đoán chính xác khả năng diễn biến trong mưu đồ của địch, BTTM đã có đóng góp quan trọng trong kế hoạch tác chiến, trong tham mưu kịp thời tăng cường cho chiến trường những cán bộ có nhiều kinh nghiệm về tổ chức chỉ đạo và chỉ huy tác chiến chính quy.
Với sự chỉ đạo sát sao, quyết liệt của BTTM nên ngay từ năm đầu chuyển từ khởi nghĩa từng phần lên chiến tranh cách mạng, cùng với sự trưởng thành của đấu tranh chính trị, LLVT cách mạng và hoạt động đấu tranh trên mặt trận quân sự ở miền Nam đã thu được nhiều thắng lợi to lớn. Phong trào từ chỗ lẻ tẻ đã phát triển thành LLVT có tổ chức từ trên xuống dưới, có đường lối, phương châm xây dựng, hoạt động; về tổ chức, đã hình thành 3 thứ quân ở hầu khắp các tỉnh miền Nam. Hoạt động ngày càng hiệu quả của các LLVT đã hỗ trợ đắc lực cho phong trào đấu tranh chính trị, chống khủng bố, phá thế kìm kẹp và tiêu diệt hàng nghìn tên địch. Chính quyền Việt Nam cộng hòa vốn là chỗ dựa chủ yếu về chính trị của chiến lược CTĐB ngày càng chao đảo, nội bộ mâu thuẫn sâu sắc. Trước nguy cơ phá sản của chiến lược CTĐB, đế quốc Mỹ bị động chuyển sang chiến lược chiến tranh mới.
Có thể nói, việc đánh bại chiến lược CTĐB của đế quốc Mỹ bắt nguồn từ nhiều yếu tố, trong đó có vai trò tham mưu chiến lược quan trọng của BTTM.
TỨ MINH