BTTM đặt lên hàng đầu nhiệm vụ chăm lo xây dựng LLVT 3 thứ quân, trong đó đặc biệt quan tâm xây dựng, phát triển và nâng cao sức mạnh chiến đấu của bộ đội chủ lực để làm nòng cốt cho toàn dân đánh giặc, nhằm bảo vệ vững chắc thành quả cách mạng vừa giành được và chuẩn bị cho toàn quốc bước vào thời kỳ kháng chiến lâu dài.
Sau Ngày thành lập nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, LLVT địa phương phát triển khá nhanh, nhưng các đơn vị tập trung (bộ đội chủ lực) trực thuộc Trung ương chỉ có 2 chi đội 3 và 4 Giải phóng quân Việt Nam từ Việt Bắc về Hà Nội làm nhiệm vụ bảo vệ Trung ương Đảng và Chính phủ. Trước yêu cầu nhiệm vụ xây dựng bộ đội chủ lực trong tình hình mới, cuối tháng 10-1945, BTTM tổ chức hội nghị bàn về xây dựng Vệ Quốc đoàn, nêu rõ: Về tổ chức biên chế thống nhất theo hệ thống tam tam chế, gồm từ tiểu đội, phân đội, trung đội đến trung đoàn và kiến nghị được Trung ương Đảng phê duyệt.
Theo phương hướng xây dựng đó, BTTM cử các phái viên lần lượt đến một số đơn vị và địa phương giúp triển khai kế hoạch chấn chỉnh tổ chức, xây dựng các chi đội (tương đương tiểu đoàn, hoặc trung đoàn) và đại đội Vệ quốc đoàn. Đến cuối năm 1945, bộ đội chủ lực toàn quốc phát triển có khoảng 50.000 người, được tổ chức thành 40 chi đội ở hầu khắp các tỉnh Bắc Bộ, Trung Bộ và một số tỉnh ở Nam Bộ.
Cùng với việc xây dựng về tổ chức, biên chế, công tác xây dựng và tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với các đơn vị bộ đội chủ lực cũng được chú trọng. Nhằm giúp Trung ương Đảng lãnh đạo toàn diện quân đội, tháng 1-1946, Trung ương Quân ủy được thành lập. Tiếp đó, cấp ủy đảng trong bộ đội chủ lực chiến khu cũng lần lượt được tổ chức và việc xây dựng chi bộ, phát triển đảng viên được đẩy mạnh ở các đơn vị bộ đội chủ lực. Ngày 22-5-1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 71/SL chuyển Vệ Quốc đoàn thành Quân đội Quốc gia Việt Nam. Kèm theo sắc lệnh có bản quy tắc quy định tổ chức biên chế bộ đội chủ lực gồm tiểu đội, trung đội, đại đội, tiểu đoàn, trung đoàn, liên đoàn, tập đoàn của bộ binh, các đơn vị chuyên môn và hỏa lực trợ chiến.
Thực hiện phương hướng đó, BTTM chỉ đạo các chi đội Vệ Quốc đoàn ở Bắc Bộ, Trung Bộ chấn chỉnh tổ chức, thống nhất biên chế theo từng đơn vị cấp trung đoàn (32 trung đoàn) và 32 tiểu đoàn độc lập. Riêng Nam Bộ, do chưa có đủ điều kiện chấn chỉnh các chi đội thành trung đoàn, nên vẫn tổ chức chi đội (25 chi đội). Cùng với đó, ngày 29-6-1946, BTTM quyết định thành lập 3 trung đội pháo binh, gồm: Pháo đài Láng, Xuân Tảo, Xuân Canh. Đây là những trung đội pháo binh chủ lực đầu tiên của Quân đội ta.
Cũng từ cuối năm 1945, BTTM chỉ đạo LLVT đẩy mạnh huấn luyện quân sự; các đơn vị chủ lực tập trung huấn luyện cách sử dụng các loại vũ khí, kỹ thuật chiến đấu cá nhân, chiến thuật cấp tiểu đội, trung đội tiến công, phòng ngự. Sang năm 1946, công tác huấn luyện quân sự tiếp tục được BTTM chỉ đạo thực hiện ở các trung đoàn, chi đội. Lúc này, việc chỉ đạo huấn luyện bộ đội chủ lực về chương trình, nội dung huấn luyện kỹ thuật, chiến thuật do Quân huấn Cục (nay là Cục Quân huấn, BTTM) đảm nhiệm. BTTM chỉ đạo các trường: Quân chính Bắc Sơn, Võ bị Trần Quốc Tuấn đào tạo cán bộ đại đội, trung đội, tiểu đội; mở lớp bổ túc quân sự trung cấp (từ ngày 7-7-1946 đến 30-8-1946) cho gần 100 cán bộ quân sự, chính trị từ trung đội đến trung đoàn. Đến trước Ngày Toàn quốc kháng chiến, BTTM đã chỉ đạo các trường đào tạo, bồi dưỡng được gần 1.000 cán bộ cho các đơn vị, kịp thời đáp ứng yêu cầu lãnh đạo, chỉ huy bộ đội chủ lực chiến đấu.
Dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Trung ương Đảng và Chủ tịch Hồ Chí Minh, Trung ương Quân ủy, sau hơn một năm từ khi thành lập, BTTM đã chỉ đạo, tổ chức xây dựng và huấn luyện LLVT 3 thứ quân, đặc biệt là bộ đội chủ lực và đạt kết quả quan trọng. Trong đó, BTTM đã chỉ đạo khẩn trương xây dựng và phát triển về quân số, bước đầu thống nhất quy mô tổ chức biên chế trong toàn quân, từ tiểu đội, trung đội, đại đội, tiểu đoàn đến trung đoàn ở miền Bắc và chi đội ở miền Nam. Đồng thời, BTTM chỉ đạo huấn luyện về quân sự và chính trị, trong đó, huấn luyện quân sự bước đầu học về những vấn đề cơ bản chiến thuật, kỹ thuật của chiến tranh nhân dân và nghệ thuật quân sự Việt Nam. Tiếp đó, BTTM tổ chức, sử dụng lực lượng hợp lý và phát huy hiệu quả vai trò của bộ đội chủ lực làm nòng cốt cho lực lượng vũ trang địa phương và nhân dân ở các thành phố, thị xã, từ bắc vĩ tuyến 16 (Đà Nẵng) trở ra, đánh ngăn chặn, vây hãm quân địch dài ngày, tạo điều kiện cho Đảng, Chính phủ và nhân dân ta chuẩn bị mọi mặt. Đến Ngày Toàn quốc kháng chiến (19-12-1946), LLVT và toàn dân chủ động bước vào chiến đấu, tiến hành cuộc kháng chiến lâu dài để giành thắng lợi từng bước, đi đến thắng lợi cuối cùng.
Đại tá, TS DƯƠNG ĐÌNH LẬP