Trưởng thành từ Phòng Cửa khẩu và giới tuyến thành lập ngày 1-9-1971 theo Quyết định số 373 của Bộ tư lệnh Công an nhân dân vũ trang. Theo yêu cầu nhiệm vụ, ngày 4-3-2009, Bộ Quốc phòng đã ký Quyết định số 473/QĐ-BQP, thành lập Cục Cửa khẩu trực thuộc Bộ tư lệnh BĐBP.
Trong 10 năm qua, các đơn vị cửa khẩu đã làm thủ tục XNC và bảo đảm an ninh, an toàn cho hàng trăm triệu lượt người, phương tiện qua các cửa khẩu đường bộ, cảng biển; bảo đảm thông thoáng, chặt chẽ, đúng pháp luật và đáp ứng yêu cầu hội nhập. Qua công tác kiểm tra, kiểm soát đã phát hiện, bắt giữ và xử lý 3.550 vụ với gần 9.800 đối tượng, tiếp nhận hơn 5.900 công dân Việt Nam do các cơ quan chức năng của Trung Quốc, Lào và Campuchia trao trả; trao trả, buộc xuất cảnh 1.973 trường hợp công dân nước ngoài nhập cảnh trái phép, đi du lịch trốn ở lại, đối tượng có lệnh truy nã, tội phạm lừa đảo...
Với những thành tích đã đạt được trong 10 năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, Cục Cửa khẩu vinh dự được Nhà nước tặng Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhì; được tặng 10 Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ Công thương, Bộ Tài chính; 4 Cờ thi đua, 6 Bằng khen của Bộ Tư lệnh BĐBP...