Ông nhận trọng trách nặng nề trong bối cảnh khủng hoảng kinh tế khu vực và toàn cầu tác động không nhỏ đến kinh tế Việt Nam. Lúc bấy giờ, các nền kinh tế như: Thái Lan, Indonesia, Hàn Quốc, Hồng Công, Malaysia, Lào, Philippines, Nga, Brazil, Hoa Kỳ… lâm vào tình trạng khủng hoảng ở những mức độ khác nhau. Việt Nam tuy không chịu ảnh hưởng trực tiếp nhiều nhưng hậu quả gián tiếp cũng không thể tránh khỏi. Đây là thách thức lớn đối với đất nước mà đồng chí Phan Văn Khải với cương vị Thủ tướng Chính phủ, là người “đứng mũi chịu sào”. Bằng tâm huyết, trí tuệ và khả năng huy động, tập hợp trí tuệ tập thể, ông đã đưa ra sách lược ổn định kinh tế vĩ mô, đưa nền kinh tế vượt qua khủng hoảng, chèo lái nền kinh tế tiếp tục phát triển.
 
Trong quá trình phát triển kinh tế thị trường định hướng XHCN ở Việt Nam, đồng chí Phan Văn Khải là một trong những người tiên phong “cởi trói” cho kinh tế tư nhân phát triển. Đây là dấu ấn đậm nét đối với nhân dân cả nước, đặc biệt là các doanh nhân Việt Nam. Đối với họ, cái tên thân thuộc-anh Sáu Khải-không chỉ là nguyên thủ quốc gia mà còn là người đồng hành với doanh nghiệp. Luật Doanh nghiệp ra đời năm 1999 tạo hành lang pháp lý cho kinh tế tư nhân phát triển, đặc biệt là những cải cách mạnh mẽ về thủ tục hành chính. Chính phủ đã chủ trương bỏ “giấy phép mẹ”, “giấy phép con”, những rào cản của kinh tế tư nhân. Đồng chí Phan Văn Khải trực tiếp đối thoại, lắng nghe ý kiến của doanh nghiệp để tìm hướng giải quyết, tạo điều kiện tốt nhất cho doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh. Nhờ những quyết sách phù hợp với quy luật kinh tế mà doanh nghiệp ổn định, phát triển, giúp nền kinh tế Việt Nam dần thoát ra khỏi khủng hoảng.
 
Trong quá trình thực hiện đa phương hóa, đa dạng hóa về ngoại giao, chủ động đưa đất nước hội nhập quốc tế sâu rộng, đồng chí Phan Văn Khải là người đã có công lớn thiết lập các quan hệ ngoại giao tốt đẹp, đưa đất nước phát triển và hội nhập. Sau một năm nhậm chức, năm 1998, Thủ tướng Phan Văn Khải là người lãnh đạo cao cấp đầu tiên của Việt Nam tham dự Diễn đàn Hợp tác Kinh tế châu Á-Thái Bình Dương (APEC). Diễn đàn ngoại giao này đã thúc đẩy Việt Nam tiến tới hội nhập và hoạt động trong khối APEC. Sự kiện này đánh dấu cho quá trình thực hiện cơ chế hợp tác APEC có lợi cho đường lối đối ngoại độc lập, tự chủ, đa phương hóa, đa dạng hóa và chủ động hội nhập của nước ta. Qua diễn đàn và hoạt động của khối APEC, Việt Nam có cơ hội và điều kiện liên kết, thực hiện hợp tác, thương mại, đầu tư với các nước khác. Đến năm 2006, Việt Nam đăng cai tổ chức xuất sắc Hội nghị APEC, điều đó cho thấy vai trò đối ngoại quan trọng, có ý nghĩa quyết định của Thủ tướng. Một sự kiện đặc biệt quan trọng nữa là sau 10 năm bình thường hóa quan hệ Việt-Mỹ, năm 2005, Thủ tướng Phan Văn Khải đã thăm chính thức Hoa Kỳ, với tư cách là nguyên thủ quốc gia. Chuyến thăm này đánh dấu lần đầu tiên người đứng đầu Chính phủ Việt Nam thăm chính thức Hoa Kỳ sau 30 năm kết thúc chiến tranh. Chuyến thăm của Thủ tướng Phan Văn Khải tạo ra mối quan hệ ngoại giao tốt đẹp, làm nền tảng cho những ký kết được tiến hành trong những năm tiếp theo giữa Việt Nam và Hoa Kỳ, chẳng hạn như: Năm 2006, Chủ tịch Hạ viện Hoa Kỳ Dennis Haster thăm chính thức Việt Nam, ký kết hiệp định thương mại song phương về việc Việt Nam gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO), Chính phủ Hoa Kỳ đã thông qua Luật dành Quy chế thương mại bình thường vĩnh viễn cho Việt Nam. Đó là chuyến thăm có ý nghĩa quan trọng thúc đẩy quan hệ ngoại giao Việt Nam-Hoa Kỳ ngày càng đi vào chiều sâu, tiến tới đưa Việt Nam trở thành thành viên chính thức của WTO.
 
Trong bối cảnh phát triển đất nước đang cần những điều kiện cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ phát triển kinh tế-xã hội, đồng chí Phan Văn Khải là một trong những nhà lãnh đạo thực hiện những công trình giao thông trọng điểm gắn liền với lịch sử của công cuộc đổi mới đất nước. Trong những năm đổi mới, nhận thấy cần phải phát triển giao thông nhằm phục vụ kinh tế-xã hội, Chính phủ đã chỉ đạo, tổ chức thực hiện một số dự án giao thông trọng điểm trong ba năm liền, như: Năm 2003, cầu Thuận Phước nối liền cảng Tiên Sa và đường Nguyễn Tất Thành đến hầm Hải Vân nằm ở cửa biển Đà Nẵng được xây dựng, năm 2009, khánh thành, đưa vào sử dụng. Đến thời điểm ấy, cầu Thuận Phước là cầu treo dây võng dài nhất Việt Nam, nhằm lưu thông hàng hóa từ cảng Tiên Sa đi các tỉnh phía Bắc, giảm áp lực giao thông qua cầu sông Hàn, phục vụ phát triển kinh tế-xã hội, an ninh, quốc phòng. Năm 2004, cầu Cần Thơ được khởi công, là cây cầu dây văng có nhịp chính dài nhất khu vực Đông Nam Á và thứ 7 thế giới, đến năm 2010, cầu được đưa vào sử dụng. Cầu Cần Thơ đã nối liền giao thông các tỉnh vùng Nam Bộ, tạo nên sự thuận lợi cho phát triển kinh tế-xã hội. Năm 2005, cầu Vĩnh Tuy tiếp tục được khởi công, nằm trên đường vành đai 2, nối với Quốc lộ 5, tạo nên mạng lưới giao thông thuận lợi của TP Hà Nội. Đến tháng 9-2009, cầu khánh thành, đưa vào sử dụng.
 
Đồng chí Phan Văn Khải là nhà lãnh đạo được đào tạo rất căn bản tại Liên Xô (trước đây). Trong quá trình quản lý, điều hành Chính phủ, ông luôn chú ý lắng nghe, tôn trọng đội ngũ hiền tài nhằm hiến kế quốc sách. Đồng chí Phan Văn Khải là một tấm gương tự trọng về trách nhiệm của nguyên thủ quốc gia. Trong phiên họp Quốc hội ngày 16-6-2006, ông thẳng thắn đánh giá những mặt được và những vấn đề còn trăn trở của mình trong thời gian giữ cương vị Thủ tướng Chính phủ. Với tư cách là người đứng đầu Chính phủ, ông nhận trách nhiệm về mình, đó là một nhân cách cao đẹp của một con người tự trọng và có ý thức trách nhiệm cao trước Đảng và nhân dân.
 
Những công lao, đóng góp to lớn, đặc biệt là về tư duy lãnh đạo, quản lý và nhân cách, lẽ sống của ông luôn là tấm gương sáng, là bài học quý báu của Đảng và nhân dân ta trong sự nghiệp đổi mới, hội nhập, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.
 
Tiến sĩ PHẠM ĐÀO THỊNH, Trưởng khoa Giáo dục Chính trị, Trường Đại học Sài Gòn.